Biodiversité : Qu’est-ce que cette « cartographie génétique » des fonds marins que lance la France ?

La France possède le deuxième domaine maritime mondial. Et elle veut mieux connaître son trésor. L’Hexagone va séquencer le génome de milliers d’espèces peuplant ses eaux métropolitaines et d’outre-mer, afin d’élaborer une « cartographie génétique » de sa biodiversité marine, outil clef pour mieux la préserver. Mais de quoi s’agit-il exactement ?

Qu’est-ce que l’Etat veut répertorier ?

Sur huit ans, 4.500 espèces végétales et animales seront décryptées dans le cadre du programme baptisé ATLASea, copiloté par le CNRS et le Commissariat à l’énergie atomique (CEA) et financé à hauteur de 41 millions d’euros, a annoncé jeudi le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Les spécimens de poissons, mammifères, algues, organismes unicellulaires… vont être récoltés à partir du deuxième semestre 2023, à pied sur le littoral et au cours d’expéditions au large et en profondeur.

Depuis sept principaux sites en métropole (dont La Rochelle, Roscoff et Banyuls) et quatre en Outre-mer (Nouvelle-Calédonie, Polynésie française, Antilles et Mayotte), avec la participation du célèbre navire Tara. Si la plupart des espèces ciblées sont déjà connues, quelques-unes pourraient être découvertes lors des expéditions. Avec 4.500 espèces captées, sur les 12.000 environ recensées en zone métropolitaine, « on va avoir une vision de l’ensemble des grands groupes qui constituent la biodiversité marine », se félicite Patrick Wincker, codirecteur d’ATLASea.

Que vont devenir les échantillons ?

Les échantillons prélevés seront congelés puis transférés au Genoscope d’Evry, doté de nouvelles machines. L’équipement permettra « d’extraire des longues chaînes d’ADN avant de reconstituer la totalité de la séquence du génome », en utilisant l’informatique, détaille Hugues Roest Crollius, directeur du programme pour le CNRS, sur le site de l’organisme public. Objectif : « Etablir des séquences de génome de référence », c’est-à-dire complets, ajoute Patrick Wincker qui dirige le Genoscope. Le programme table sur 70 millions de gènes. Ils seront stockés dans une base de données.

A quoi servent ces séquençages ?

L’objectif est de retracer l’évolution des processus biologiques, mais aussi de comparer les variations génétiques. « On va ainsi connaître le niveau de diversité génétique des espèces », indicateur clef pour surveiller leur état de préservation, ajoute le scientifique. Car on sait que chez les espèces menacées, comme les grands cétacés, la diversité génétique décroît. « Souvent, avant de voir disparaître une espèce, on s’aperçoit qu’elle est en danger du fait de cette diminution » qui la rend plus fragile aux variations de l’environnement, développe Patrick Wincker.

Le programme doit aider à une meilleure gestion des stocks de pêche, notamment en étudiant l’impact des espèces invasives. Il servira aussi à identifier de nouvelles molécules dans le domaine médical, ou l’agronomie. Avec près de 11 millions de kilomètres carrés, le domaine maritime français est le plus étendu au monde derrière les Etats-Unis. « Cette position nous donne une responsabilité quant à l’étude de la biodiversité marine », souligne Hugues Roest Crollius.